Občina Škofljica leži v osrednjem delu Slovenije. Zajema skrajni jugovzhodni rob Ljubljanskega barja z zatoki, Želimeljsko dolino in del gričevnatega sveta, ki se že od Orel in Molnika dviguje proti Vrhu nad Želimljami do vznožja gore sv. Ahaca nad Turjakom. Na severu meji na Mestno Občino Ljubljana, na jugu na Občino Velike Lašče, na vzhodu na Občino Grosuplje in na zahodu na Občino Ig. Po velikosti šteje med manjše občine,  spada pa med razvitejše občine.
Občinsko središče je vozlišče primarnih in sekundarnih prometnih tokov. Tu se križajo avtomobilski, tovorni in železniški promet ter koncentrirajo storitvene in druge dejavnosti.